一般情况下，有预付账款目的是及时清理相关账户余额，以免同一客户明细下，预付和应付多个处理，不便于结账和查询余额。
企业应设置“预付账款”会计科目，核算企业按照购货合同规定预付给供应单位的款项。
（1）企业因购货而预付的款项，借记“预付账款”科目，贷记“银行存款”科目。
（2）收到所购物资时，根据发票账单等列明应计入购入物资成本的金额，借记“物资采购”或“原材料”、“库存商品”等科目，按专用发票上注明的增值税额，借记“应交税金—应交增值税（进项税额）”科目，按应付金额，贷记“预付账款”科目。
（4）退回多付的款项，借记“银行存款”科目，贷记“预付账款”科目。
预付款项情况不多的企业，也可以将预付的款项直接记入“应付账款”科目的借方，不设置“预付账款”科目。
企业的预付账款，如有确凿证据表明其不符合预付账款性质，或者因供货单位破产、撤销等原因已无望再收到所购货物的，应将原计入预付账款的金额转入其他应收款。企业应按预计不能收到所购货物的预付账款账面余额，借记“其他应收款——预付账款转入”科目，贷记“预付账款”科目。
除转入“其他应收款”科目的预付账款外，其他预付账款不得计提坏账准备。
“预付账款”科目应按供应单位设置明细账，进行明细核算。
“预付账款”科目期末借方余额，反映企业实际预付的款项；期末如为贷方余额，反映企业尚未补付的款项。
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